Năm 394, Hiếu Vũ Đế tôn vinh mẹ mình, Lý Lăng Dung, làm thái hậu.

Năm 395, xung đột giữa Hiếu Vũ Đế và Tư Mã Đạo Tử đã bùng nổ, song nhờ sự can thiệp của Lý Thái hậu, Hiếu Vũ Đế đã không loại bỏ em trai mình. Sau khi được Từ Mạc (徐邈) hòa giải hơn nữa, quan hệ giữa hai anh em dường như đã được khôi phục.

Năm 396, Hiếu Vũ Đế đã dành quá nhiều thời gian của mình cho tửu sắc đến mức không gặp các quan lại để bàn việc nước một cách thường xuyên. Người thiếp ông sủng ái là Trương quý nhân. Vào cuối thu năm 396, tại một bữa tiệc, Hiếu Vũ Đế đã nói đùa với người thiếp này, khi đó gần 30 tuổi, "Dựa trên tuổi của nàng, nàng nên nhường lại vị trí của mình. Trẫm cần một ai đó trẻ hơn." Bà ta đã rất giận dữ song đã nén cảm xúc của mình. Đêm đó, Hiếu Vũ Đế lại say rượu, bà lệnh cho tất cả hoạn quan rời đi, hối lộ rượu cho họ, và sau đó lệnh cho các nô tì của bà làm nghẹt thở Hiếu Vũ Đế bằng cách đặt một tấm chăn. Bà ta sau đó tiếp tục hối lộ nhiều người có mặt và tuyên bố rằng hoàng đế qua đời đột ngột khi đang ngủ. Bởi thái tử Tư Mã Đức Tông là người phát triển trở ngại, còn Tư Mã Đạo Tử thì ngu ngốc và không biết suy nghĩ nên đã không ai điều tra về cái chết của hoàng đế. Ngày hôm sau, Tư Mã Đức Tông đã lên ngôi và trở thành An Đế, còn Tư Mã Đạo Tử làm nhiếp chính.